標高140ｍほどの山腹にある縄文草創期（紀元前1万年）～早期（紀元前7000～4000年）の洞窟遺跡です。洞窟は入口で高さ約1.3ｍあり、内部は広く、現在約70ｍ奥まで入れます。発掘調査は昭和16年から22年までに4回行われ、入口付近を中心に人々の生活した痕跡が見つかっています。出土した遺物には約1万年前の表裏押圧縄文土器をはじめ早期の押型文土器、石器や骨角器などがあり、獣骨や魚骨、貝殻などの食べかすも発見されています。昭和32年、国の史跡に指定されました。蛇穴と名がついたのは、昔、大蛇が住んでいたためと言われ、この洞窟が長野県善光寺にまで通じているという伝説や、洞窟内に埋蔵金が残されており、それを守る武者がいたとも伝えられています。